În zilele noastre aproape toate varietatile de mere sunt stocate înainte de a fi comercializate şi prin urmare soiurile trebuie să aibă o capacitate bună de păstrare. Pentru depozitarea merelor nu este suficient ca temperaturile să fie menţinute la valori scăzute pe durata depozitării. Pe lângă asigurarea unei temperaturi scăzute constante, mai este necesar a se respecta o serie de condiţii referitoare la: temperatura şi umiditatea aerului, puritatea aerului, ambalarea şi aşezarea merelor în spaţiul răcit, ventilaţia şi distribuţia aerului la nivelul fructelor, funcţionarea corectă a instalaţiei frigorifice, gradul de încărcare cu produse a spaţiului de stocare, tratarea merelor după recoltare şi nu în ultimul rând asigurarea igieniei pe tot parcursul păstrării fructelor.
Depozitarea frigorifică la 00 C poate prelungi durata de stocare la mere cu până la 6 luni la unele soiuri. Scăderea temperaturii în depozitele de păstrare şi reducerea ratei de respiraţie a fructelor şi reducerea respiraţiei climacterice prelungesc viaţa fructului.
În scopul de a menţine o calitate optimă pe toată perioada de depozitare, este esenţial ca fructele să se recolteze la maturitatea optimă înainte de a fi introduse la păstrare pe termen lung. Determinarea maturităţii fructelor se bazează pe o serie de indici de recoltare cum ar fi culoarea fructului, conţinutul de amidon, fermitatea pulpei, concentraţia etilenei, aspecte specifice fiecărui soi, sezon şi regiune de unde au fost cultivate.
